شهید محمدجواد باهنر در تاریخ هشتم شهریور سال ۱۳۶۰ در اثر انفجار بمب، همراه با محمدعلی رجایی، رییس جمهور وقت و چند تن دیگر به فیض شهادت نائل آمد.
گزیدهای از بیانات حضرت آیتالله خامنهای، رهبر معظم انقلاب اسلامی به مناسبت سالگرد شهادت شهید محمدجواد باهنر در خطبههای نمازجمعه سال ۶۳ منتشر شد.