به گزارش حیات، این موزه در آبان ماه سال 1314 هجری شمسی در محوطه داخلی حرم مطهر تاسیس و پس از پیروزی انقلاب اسلامی به میدان آستانه انتقال یافت.آثار نگهداری شده دراین موزه شامل مجموعه های متنوعی است که در دوره های مختلف تاریخی به آستانه مقدسه کریمه اهل بیت حضرت فاطمه معصومه (س) و سایر بقاع متبرکه اهدا شده است .در موزه آستان مقدس قم، 15 مجموعه متنوع از آثار هنری و تاریخی دوران اسلامی و پیش از اسلام از جمله قرآن‌های خطی، تابلوهای خط و تذهیب، مسکوکات تاریخی، کاشیکاری ، سفالینه‌ها، حجاری، نقاشی، فلزکاری، پارچه‌های دستباف، قالی‌ و قالیچه های دستباف، خاتم‌ کاری و منبت کاری ، سنگ های مقدس و تزئینی، آثار چینی و بلورین و انواع تمبرهای ایرانی و خارجی گرد آوری شده است.قرآن های نفیس خطی این موزه از قرن دوم هجری تا قرن چهاردهم از وقفیات عصر صفویه تا پایان دوره قاجاریه است که از انواع خط کوفی، ثلث ، نسخ و برخی با ترجمه فارسی به خط نستعلیق به تحریر درآمده است.تابلوهای خط و تذهیب از بخش های دیگر این موزه و شامل تابلوهای قرآنی، تابلوهای قطعه سازی، زیارت نامه ها، تابلوهای مذهب قرآن و حدیث جدید و معاصراست؛ این تابلوها به خط محقق ثلث و نسخ، و متعلق به دوره سلجوقی، ایلخانی، تیموری، صفوی و قاجار است.مجموعه مسکوکات موزه آستان مقدس قم، از جنس طلا، نقره و مس متعلق به سه دوره اشکانی، سکه های ساسانی و سکه های ادوار اسلامی است که قدیمی ترین سکه اسلامی مربوط به سال 80 هجری قمری و قدیمی ترین مسکوکات دوره پیش از اسلام متعلق به دوره اشکانی در این موزه به چشم می خورد.آثار نقاشی موجود در این موزه، تبلور هنر نگارگری یا مینیاتوراز ادوار صفوی، قاجار و معاصر است که بخش اعظم این آثار شامل تابلوهای نقاشی، شمایل امامان معصوم (ع)، تابلوهای رنگ و روغن مربوط به سلاطین قاجار، نقاشی روی قاب آینه، رحل های قرآنی، روی قلمدان و نقاشی های مینایی می باشد.قالی و قالیچه های دستباف از مجموعه آثار هنری موزه آستان مقدس قم است؛ این آثار در طرح های مختلف از جمله قالی های ترنج دار، گلدار، قالی های گلدانی، طرح شکارگاه و باغی و قالیچه های سجاده طرح محرابی از جنس ابریشم، کرک و پشم در دوره صفوی بافته شده است.در بخش پارچه های دستباف موزه، پارچه های ابریشمی، کتان، مخمل، شال، ترمه، ماهوت با نقوش انسانی، حیوانی و گیاهی با استفاده از شیوه های مختلف سوزن دوزی از قبیل نقره دوزی، یراق دوزی، پته دوزی، تکه دوزی، شمسه دوزی، ملیله دوزی، قلابدوزی و گلابتون دوزی تزیین شده اند.بزرگترین و نفیس ترین کاشی موزه آستان مقدس قم از مجموعه کاشی های زرین فام مرقد علی بن جعفر متعلق به قرن هشتم دوره ایلخانی است؛ مجموعه کاشیکاری شامل کاشی های ستاره ای زرین فام، کاشی های معرق ، کاشی های چلیپا و کاشی های خشتی با کتیبه های قرآنی، اشعار فارسی و احادیث نبوی است.سفالینه های نفیس این موزه در دو بخش سفالینه های دوره پیش از میلاد مسیح فاقد لعاب به نقش ساده گیاهی و هندسی وسفالینه های دوران مختلف اسلامیدارای لعاب زرین فام، فیروزه ای و لاجوردی مربوط به مناطق باستانی سیلک کاشان، ری، جرجان، نیشابور و قم تقسیم بندی شده است.آثار فلز کاری های نفیس، آثارحجاری از جنس مرمر با نقش برجسته رجال قاجاری، کتیبه هایی به خط جناب میرزا غلامرضا از خوشنویسان عهد قاجاری، آثار خاتم کاری و منبت کاری، رحل های قرآنی، درهای خاتم کاری قدیمی حرم مطهر با اشعاری از محتشم کاشانی و نیز درهایی با روکش سراسری نقره با اشعاری از شوریده شیرازی، از دیگر آثار موجود در موزه آستان قدس قم می باشد.این موزه غنی فرهنگی- تاریخی، کمتر مورد بازدید زائران و گردشگران می گیرد و حل این مسئله نیازمند برنامه ریزی، بهره مندی از رسانه ها و تشکیل ستادی ویژه برای راهنمایی زائران و معرفی زیر مجموعه های این استانه مقدس است .