به گزارش حیات و به نقل از سیصد و بیست و یکمین شماره حیات طیبه، در عین حال جریان مبارزه او را از تحصیل بازنداشت، سال ۱۹۶۸ میلادی در دانشگاه بیرزیت در کرانه باختری پذیرفته شد و پس از طی دو سال تحصیل به عنوان معلم ریاضیات عازم یک مدرسه در بیت‌المقدس شد. شقاقی در سال ۱۹۷۴ میلادی برای ادامه تحصیل در رشته پزشکی وارد دانشگاه الزقازیق مصر شد و موفق گردید دکترای طب اطفال را از این دانشگاه دریافت کند.    اسرائیل تا قبل از تأسیس «سازمان جهاد اسلامی در فلسطین» توسط دکتر فتحی شقاقی و دو تن از دوستانش، با پدیده ای به نام «اسلام انقلابی» مواجهه چندانی نداشت؛ چه این که تمامی گروه‌های مبارز فلسطینی یا رسماً پیرو ایدئولوژی مارکسیستی بودند و اگر هم – مانند فتح- خود را «فاقد ایدئولوژی» می‌خواندند، عملاً در سیطره نیروهای چپ بودند. حالا اما تحت تأثیر انقلاب اسلامیِ ایران، سازمانی تشکیل شده بود که ایدئولوژی خود را «اسلام» می‎خواند و مبارزه با اسرائیل را نه فقط «وظیفه ملی و عربی» که «تکلیف شرعی»  می‌دانست. از این پس، اسرائیل باید به جای جنگیدن با فرزندان مارکس و انگلس و نهایتاً عبدالناصر، با فرزندان محمد (ص) می جنگید و اسرائیلی ها حالا – آن طور که مردم سوریه بعدها در استقبال از پاسدارانِ ایرانی شعار می‌دادند: «خیبر خیبر یا صهیون، جیش محمد قادمون» - به یاد خیبر می افتادند و تسخیر قلعه‌اش و شکستی که هرگز از یاد رفتنی نبود.    فتحی شقاقی هرچند قبل از انقلاب و آشنایی با امام خمینی هم، اعتقاد استواری به اسلام داشت و همین اعتقاد راسخ، او را از افکارِ رایج مارکسیستی در دوران دانشجویی‌اش مصون داشته بود؛ اما آشنایی با امام خمینی نقطه عطف زندگیش محسوب می‌شد. آن سالها او در مصر می‌زیست و دولت مصر هم میانه‌ای با اسلام گرایان نداشت، خصوصاً اگر از امام خمینی می‌گفتند؛ همین شد که فتحی شقاقی، پزشکِ جوان فلسطینی، اولین شخصی بود که به خاطر نوشتن کتابی در تجلیل و حمایت از امام خمینی به زندان افتاد. «خمینی: راه حل اسلامی و جایگزین» عنوان کتابی بود که دکتر شقاقی در سال 1979 به رشته تحریر درآورد؛ کتابی که در آن، ضمن تجلیل از امام خمینی و انقلابِ اسلامیِ مردم ایران، نوشته بود: «..  و این چنین بود که زمستان 1978 فرارسید؛ ولی این زمستان، زمستانی سرد نبود زیرا بهار، زودهنگام در ایران فرارسید. این بهارِ انقلاب بود که به گونه ای بی سابقه جلوه نمود. اینک در ربع آخر قرن بیستم، عمامه های سیاه نقش خود را بر عهده گرفته اند و چادرهای مشکی زنان نیز. جهانیان مات و مبهوت، نظاره گر بانوان ایرانی بودند که به خیابان های تهران سرازیر می شدند و مشت های خود را در برابر انحصار طلبی های ابرقدرتها بلند می کردند. این گونه، منطق نخستین حرکت اسلام بار دیگر ظاهر شده است و این مرحله، از آنِ اسلام است..» این‌ها اما به مذاق حاکمان مصر– که از متحدان نزدیک شاه ایران محسوب می‌شدند و در حال صلح با اسرائیل بودند – خوش نیامد و باعث شد دکتر شقاقی چندین ماه را در زندان های مصر بگذراند. پس از آزادی از زندان های ِ مصر، فتحی شقاقی راهِ سرزمین مادری را در پیش می‌گیرد و اعضای سازمان که حاضر در مصر بودند نیز راه فلسطین را در پیش می گیرند.   از این پس، دکتر فتحی شقاقی ظاهراً پزشکی است فلسطینی که در بیمارستان ویکتوریا در بیت‌المقدس مشغول طبابت است؛ اما این صرفاً ظاهر ماجراست و در نهان، او در کنار دوستانش رهبری سازمان تازه تأسیس جهاد اسلامی را برعهده دارد. سازمانی که کم کم و به آهستگی جای خود را در نهضت مقاومت مردم فلسطین پیدا می‌کرد و البته این‌ها از چشمان نیروهای امنیتی اسرائیل پنهان نماند. دو سال بعد، فتحی شقاقی برای اولین بار توسط دولت اسرائیل دستگیر و زندانی شده و البته یازده ماه بعد، آزاد می شود. بعدها، برای دوستانش تعریف می‌کرد که آن سالها، آنقدر مجذوب امام خمینی بوده که هنگامی که پس از بازجویی و شکنجه، او را به سلول انفرادی منتقل می‌کرده اند با خون خود – که از زخمهایش جاری بوده است - روی دیوار سلول، نام «خمینی» را نوشته است!   چند سال بعد، با آغاز عملیات‌های همرزمان شقاقی در سازمان جهاد اسلامی، او برای دومین بار دستگیر می‌شود و این بار، با دستور مستقیم اسحاق رابین – وزیر دفاع وقت اسرائیل – به لبنان تبعید می شود. جالب این که چندین سال پس از آن، و هنگامی که سازمان جهاد اسلامی طی یک عملیات موفقیت آمیز موفق به کشته و زخمی کردن 130 اشغالگر صهیونیست می شود، همین اسحاق رابین – که حالا نخست وزیر اسرائیل است – دستور ترور فتحی شقاقی را صادر می کند و جالب تر این که تنها یک هفته پس از به شهادت رساندن دکتر شقاقی، خود او توسط یکی از یهودیان افراطیِ مخالف مذاکرات صلح به هلاکت می‌رسد.   پیوند دکتر فتحی شقاقی با امام خمینی، انقلاب اسلامی و حزب ا... لبنان پیوندی ناگسستنی است و سازمانی که رهبریش را بر عهده داشت، هنوز که هنوز است، پس از گذشت 20 سال از ترور شقاقی، نزدیکترین سازمان فلسطینی به جمهوری اسلامی محسوب می شود. اعضای جهاد اسلامی هرگز سخنان رهبرِ شهیدشان را فراموش نمی‌کنند که می گفت «ما قبل از امام خمینی، در حالت یأس و نا امیدی زندگی می کردیم و اعتقاد داشتیم شکست دادن اسرائیل و از بین بردن آن، هرگز ممکن نیست. این امام خمینی بود که با پیروزی انقلاب اسلامی، امید را در قلب هایمان زنده کرد و آن هنگام بود که ما ایمان یافتیم به این که همان اسلامی که شاه را شکست داد، می تواند فلسطین را نیز آزاد کند..» آنها هرگز سخنان دبیرکلِ شهیدشان را فراموش نمی کنند که امام حسین (ع) را اسوه ای برای رزمندگان معرفی می‌کرد و می‌گفت: «واقعه کربلا در اذهان ما تا ابد زنده است؛ امام حسین (ع) در وجدان ما زنده است و امام خمینی هم.»   فتحی شقاقی، در مراسم بزرگداشت شهید سید عباس موسوی – دبیرکلِ شهید حزب ا... لبنان – جمله‌ای بر زبان آورد که بعدها تبدیل به یکی از معروفترین سخنانش شد: «حزبی که رهبرش به شهادت می‌رسد، هرگز طعم شکست را نخواهد چشید.» و بعدها، تاریخ ثابت کرد که حزب ا...، حزبی که رهبرش به شهادت می‌رسد طعم شکست را نچشید؛ همان طور که جهانیان دیدند، سازمان جهاد اسلامی فلسطین، سازمانی که رهبرش به شهادت رسید هم هرگز طعم شکست را نچشید.   وی در سال ۱۹۹۵ با گذرنامه جعلی با نام «ابراهیم شاویش» به لیبی رفت تا پیرامون وضعیت آوارگان فلسطینی در مرزهای لیبی و مصر با سرهنگ قذافی رهبر این کشور دیدار کند. اما به دلیل تحریم هوایی لیبی، وی مجبور شد با کشتی به مالت برود و سرانجام در ساعت یک بعدازظهر پنج شنبه 26 اکتبر 1995 وقتی به هتل (دیپلماتیک جزیره مالت) بازمی گشت توسط عوامل موساد ترور شد و به شهادت رسید.