با پیروزی انقلاب اسلامی، آمریکا که منافع خود را در ایران از دست رفته می‌دید، تلاش‌های گسترده‌ای را برای براندازی این نظام نوپا آغاز کرد. علاوه بر فعالیت‌های گسترده‌ی جاسوسی و ایجاد غائله‌های قومی در نواحی مرزی ایران که با محوریت سفارت آمریکا در تهران سامان‌دهی می‌شد، گروههای انحرافی و التقاطی نیز هم راستا با پروژه آمریکایی براندازی نظام اسلامی، حذف فیزیکی چهره های تأثیرگذار نظام و ترور یاران امام خمینی (ره) را در دستور کار قرار دادند. این موج ترورها متأسفانه به دلیل نوپایی نظام سیاسی و حضور گسترده عناصر منافقین و بنی صدر با موفقیت پیش رفت و سرمایه های گرانسنگی از مدیران انقلاب از شهید بهشتی گرفته تا رجایی و باهنر را از ملت گرفت.   پروژه ترور آیت ا... خامنه ای در همین فضا طراحی و اجرا شد. نقش ها و مسئولیت های  تأثیرگذار آیت‌ا... خامنه‌ای در رکاب بنیانگذار انقلاب بویژه بعد از ترور شماری از بزرگان انقلاب، جریان‌های منحرف و منافقین را به این اندیشه واداشت تا تنها با گذشت یک هفته از تصویب عدم کفایت سیاسی بنی‌صدر در مجلس و پس از بیانیه‌ی منافقین در اعلام جنگ مسلحانه با نظام، آیت‌ا... خامنه‌ای در مسجد ابوذر تهران مورد سوء قصد قرار دهند. حضرت امام (ره) بلافاصله پس از ترور، در پیام خود پرده از چهره‌ی عوامل ترور برداشتند: «اینان آنقدر از بینش سیاسی بی‌نصیبند که بی‌درنگ پس از سخنان شما در مجلس و نماز جمعه و پیشگاه ملت به این جنایت دست زدند و به کسی سوء قصد کردند که آوای دعوت او به صلاح و سداد در گوش مسلمین جهان طنین‌انداز است». آن گونه که در خاطرات همراهان آن روز آیت ا... خامنه ای آمده است: ترور ایشان درست پنج روز از عزل بنی‌صدر کلید خورد. روزی که گفته می شود آیت‌ا... خامنه‌ای از جبهه‌ها برگشته و خدمت امام(ره) می رسند و بعد از گزارش وضعیت جبهه به بنیانگذار انقلاب طبق برنامه‌ی شنبه‌ها عازم یکی از مساجد جنوب‌شهر برای سخنرانی می شوند. همراهان آن روز رهبر انقلاب نقل می کنند: خودرو حامل آیت‌ا... خامنه‌ای که از جماران حرکت می‌‌کرد، آن روز (ششم تیر 1360 ) مهمان ویژه‌ای داشت؛ خلبان عباس بابایی که می‌خواست درد دل‌هایش را با نماینده‌ی امام(ره) در شورای عالی دفاع در میان بگذارد. آن‌ها نیم‌ ساعت زودتر از اذان ظهر به مسجد ابوذر رسیدند و گفت‌وگویشان را در همان مسجد ادامه دادند. ‌نماز ظهر تمام شد. آقا رفتند پشت تریبون. نمازگزاران همان‌طور منظم در صفوف نماز نشسته بودند. پرسش‌های مکتوب مردم را به سخنران می‌دادند، اگرچه بعضی از پرسش‌ها تند و حتی گاهی بی‌ربط بود. بین جمعیت، ضبط صوتی دست به دست شد تا رسید به جوانی با قد متوسط و موهای فر و کت و پیراهن چهارخانه و صورتی با ته‌ریش مختصر که آن روزها کلیشه‌ی چهره‌ و تیپ خیلی از جوان‌ها بود. خودش را رساند به تریبون. ضبط را گذاشت روی تریبون؛ درست مقابل قلب سخنران. دستش را گذاشت روی دکمه‌ی Play. شاسی تق تق صدا کرد و روشن نشد؛ مثل حالت پایان نوار، اما او رفت. یک دقیقه نگذشت که بلندگو شروع کرد به سوت کشیدن. آقا همین‌طور که صحبت می‌کردند، گفتند: «آقا این بلندگو را تنظیم کنید.» بعد خودشان را به سمت چپ کشیدند و از پشت تریبون کمی عقب آمدند و به صحبت ادامه دادند: «در زمان امیرالمؤمنین، زن در همه‌ی جوامع بشری، نه فقط در میان عرب‌ها- مظلوم بود. نه می‌گذاشتند درس بخواند، نه می‌گذاشتند در اجتماع وارد بشود و در مسائل سیاسی تبحر پیدا بکند، نه ممکن بود در میدان‌های...» و ناگهان صدای انفجار! حادثه ترور آیت ا... خامنه ای بزرگترین شوک سیاسی همانند واقعه ترور آیت ا... بهشتی در میان نیروهای انقلاب بوجود می آورد. آن گونه که در خاطرات همراهان امام خمینی (ره) آمده است: بنیانگذار انقلاب بعد از واقعه ترور مرتب پیغام می‌دادند و از اطرافیان می‌پرسیدند که: «آقاسیدعلی چطورند؟» پیام امام خمینی (ره) ساعت دو بعد از ظهر پخش ‌شد. دکتر میلانی‌نیا رادیو را گذاشت بیخ گوش آقا. آن‌ موقع ایشان به هوش بودند؛ روح تازه‌ای انگار در وجودشان دمید، جان گرفتند. بعد از گذشت چند روز حالشان بهتر شده بود، اما هنوز قضیه‌ی هفتاد و دو تن را نمی‌دانستند. از تلویزیون آمدند که گزارش تهیه کنند. یک ساعتی معطل شدند تا آقا به هوش آمد. پرسیدند حالتان چطور است؟ گفتند: «من بحمدا... حالم خیلی خوب است» و شعر رضوانی شیرازی را خطاب به امام خواندند: «بشکست اگر دل من به فدای چشم مستت   سر خُمِّ می سلامت شکند اگر سبویی» به این ترتیب تابستان 1360 از یک سو یادآور خاطرات تلخی است که هرکدام سرآغازی بر یک تاریخ است چرا که تا پایان آن سال بیش از 100 مقام ارشد نظام به شهادت رسیدند. خاطرات روزهای سخت و جانکاه تیرماه را باید بیش از هر زمان زنده نگه داشت زیرا سندی گویا از تاخت و تاز تفکر نفاق و خشونت و ترور است. هیچ اتفاقی به اندازه حوادث این روزها مظلومیت نظام اسلامی را در بحث تروریسم اثبات نمی کند.