به گزارش خبرگزاری "حیات"، آیت الله هاشمی رفسنجانی در نطق جلسه علنی مجلس شورای اسلامی در سال 1366 همزمان با چهلم شهید بابایی گفت: «امروز چهلم شهادت سرلشکر بابایی است که ایشان برای انقلاب، ارتش و جنگ، سرباز فداکار و با ارزشی بود. وی ادامه داد: اف ـ 14 های ما که تأثیر شایانی در دفاع  از کشور دارد، فعالیتش را تا حدود زیادی مرهون نظرات و پشتکار ایشان بود چرا که ایشان خلبان اف ـ 14 بود و در میان خلبان ها یکی از امتیارات با ارزش ایشان این بود که فوق العاده حزب اللهی و پرشور و وفادار بود. آیت الله هاشمی رفسنجانی افزود: شهید بابایی در عملیات آن چنان تهاجم هوایی را ترتیب می داد که با کمترین تلفات و بهترین آثار، ما در جبهه موفق بودیم. از خداوند متعال برای روح شریف ایشان و برای تمام شهدای جنگ تحمیلی و انقلاب اسلامی رحمت خاص تقاضا داریم و برای خانواده ایشان و همکاران ایشان در ارتش جمهوری اسلامی از خداوند تقاضای صبر و اجر می کنیم.»