به گزارش حیات؛ مرسی پس از آن به اهانت به قوه قضائیه و کارکنان آن متهم شد که در یک مصاحبه تلویزیونی طی انتخابات پارلمانی سال 2005، 22 قاضی را به فساد متهم کرد. وی همچنین به دخالت در کار دادستانی و تلاش برای اعمال نفوذ بر دستگاه قضایی در محاکمه احمد شفیق نامزد رقیب خود در انتخابات ریاست جمهوری، متهم است. مرسی در حال حاضر در حال گذراندن 15 روز حبس مجدد تا زمان تکمیل تحقیقات در ارتباط با اتهام جاسوسی و فرار از زندان طی ناآرامی های سال 2011 است که به سرنگونی حسنی مبارک رئیس جمهور مخلوع مصر منجر شد. پرونده مرسی همراه با 14 عضو دیگر اخوان المسلمین همچنین به علت تحریک به خشونت و قتل به دادگاه جنایی ارجاع داده شده ولی تاریخ محاکمه هنوز تعیین نشده است.