به گزارش حیات، اگرچه دکتر ولایتی اشاره‌ای به استفتای اختصاصی درباره پیوند دست نکرد اما مراجع تقلید نظرات متفاوتی درباره پیوند اعضا دارند. در پایگاه اطلاع‌رسانی مرجعیت مجموعه ای از این نظرات درباره یک استفتاء گردآوری شده است. در استفتاء آمده است: آیا درصورت مرگ مغزی و یا فوت کامل اهدای عضو جایز است؟ عده ای از علما، پیوند عضو را جایز می دانند و شروطی را برای آن در نظر می گیرند. آیت الله خامنه ای، آیت الله مکارم شیرازی، آیت الله مدنی تبریزی و آیت الله شیرازی جزو موافقان پیوند عضو هستند.  آیت الله خامنه ای در دو جوابی که به این استفتا می دهند، می فرمایند: اگر این افراد دچار ضایعات مغزى غیر قابل درمان و برگشت ‏شوند که بر اثر آن، همه فعالیت‏هاى مغزى آنان از بین رفته و به حالت اغماى کامل فرو ‏روند که باعث فقدان و از دست رفتن هر نوع شعور و احساس و حرکتهاى ارادى مى‏گردد؛ در صورتى که استفاده از اعضاى بدن چنین بیمارانى براى معالجه بیماران دیگر، باعث تسریع ‏در مرگ و قطع حیات آنان شود جایز نیست، در غیر این صورت اگر عمل مزبور با اذن قبلى وى صورت ‏بگیرد و یا نجات نفس محترمى متوقف بر آن عضو مورد نیاز باشد، اشکال ندارد.‏  در پاسخ دیگری هم می نویسند: استفاده از اعضاى میّت براى پیوند به بدن شخص دیگر براى نجات جان او یا درمان بیمارى وى اشکال ندارد و وصیّت به این مطالب هم مانعى ندارد مگر در اعضایى که برداشتن آنها از بدن میّت، موجب صدق عنوان مثله باشد و یا عرفاً هتک حرمت میّت محسوب شود.  آیت الله مکارم شیرازی هم معتقدند چنانچه مرگ قطعی و بدون بازگشت باشد اشکالی ندارد.  آیت الله مدنی تبریزی در پاسخ به این استفتا می گویند: اگر یقین به مرگ باشد و حیات نباتی وجود نداشته باشد و حیات مسلمان دیگری متوقف به اعضای او باشد و به شرط اینکه عضو را درآورده و فورا پیوند بزنند اشکال ندارد.  آیت الله شیرازی هم معتفدند چنانچه در حیات خود به آن وصیت کرده باشد اشکال ندارد، البته عضو گرفتن آن وقت جایز است که موت کاملاً محقق شده باشد.  آیت الله سیستانی برداشتن بخشى از بدن انسان زنده براى پیوند زدن در صورتى که قطع آن زیان مهمى داشته باشد مانند چشم و دست و امثال آنها را جایز نمی دانند اما با این حال می فرمایند: اگر زیان مهمى نداشته باشد مانند قطعه ‏اى از پوست یا نخاع یا یک کلیه در صورت سالم بودن کلیه دیگر با فرض رضایت صاحبش جایز است. اگر کودک یا دیوانه نباشد وگرنه به هیچ وجه جایز نیست و هرگاه قطع آن جایز بود گرفتن پولى به ازاى آن نیز جایز است. و قطع عضو مسلمان مرده، مانند چشم و دستش براى پیوند زدن به بدن زنده جایز نیست، و اگر کسى چنین کند، بر او دیه لازم مى‏آید و دفن آن عضو قطع شده واجب است. ولى اگر پیوند زد و عضو زنده‏اى از بدن شد، قطع آن واجب نیست. و کسى که از نظر مغزى مرده است در حالى که قلب وریه او هر چند به کمک دستگاه وظیفه خود را انجام مى‏دهند میت شمرده نمى‏شود و قطع اعضاى او براى الحاق به زنده به هیچ وجه جایز نیست. و نفوذ وصیت به اهداى عضو بعد از مرگ مشکل است.  آیت الله گرامی هم در پاسخ به این استفتا می گویند: کشتن پیش از فوت جائز نیست، هنوز قلب او کار می کند، لیکن لحظه مرگ و پس از آن اگر اعضا به درد می خورد جائز است. اگر قبلاً خود خواسته است.  آیت الله صافی گلپایگانی عقیده دارند مرگ مغزی مرگ نیست و اهدا اعضای بدن جایز نیست و وصیت به آن هم نافذ نیست و اثری ندارد بلی چنانچه حیات مسلمان موقوف به پیوند عضو باشد،با نبود میت غیر مسلمان جایز است از عضو میت مسلمان برای ادامه حیات مسلمان استفاده شود.  آیت الله زنجانی هم با ایراد وارد کردن به مفهوم مرگ مغزی می گویند: به مرگ مغزی شرعا مرگ (موت) صدق می کند یا نه مورد اشکال است. زیرا به مفاد آیه شریفه «الله یتوفی الانفس حین موتها» (زمر،آیه ۴۲) خدا روح را در هنگام مرگ بازپس می گیرد و در مرگ مغزی روح به طور کامل از بدن نگرفته شده لذا ترتب موت و آثار آن مشکل است ولی چنانچه علم و یا اطمینان دارد که برگشتی نیست در صورتی که خود شخص به اهداء عضو وصیت کرده مانعی ندارد ولی در صورت عدم وصیت مسئله مورد اشکال است  آیت الله روحانی معتقدند در صورت احتمال خوب شدن و یا بقای مدتی ماندن _ جایز نیست والا جایز است.